本課程以涵蓋農學院農工系所、理學院動物系所、漁科所及任何對養殖環境管理有興趣的學生為授課對象。從工程師觀點出發，應用物質平衡管理觀念，探討:
1.環境保全及水資源有效利用目標的養殖用水因應之道、2.循環水養殖系統的水體環境動態觀念建立及、3.環境物質收支模式架構及野外實驗計測計畫的概念等。

課程內容則分為：
1.養殖環境系統觀念、2.環境物理學模式、3.物質收支系、4.環境物理項各論（熱、固形物、溶氧）、5.養殖現場參觀及6.書報討論等六部分。

課業要求包括：
討論及期末報告兩部分。綜合評分計算成績。

使用教科書及主要參考書籍為：
1. Design and operating Guide for Aquaculture Sea-Water systems, 1989, John E. Huguenin, ELSEVIER.
2. Water Quality in ponds for Aquaculture. 1990.C.E. Boyd. AUBURN Univ. USA.
3. Aquacultural Engineering, 1997, F.W. WHEATON. John Wiley & Sons.
4. Geochemical Processes Water and Sediment Environment, 1979.A. Lerman. John Wiley and Sons.
5. 湖沼工學，1990，岩佐義朗，山海堂。
6. 水環境工學，1987，佐藤敦久，技報堂。
7. 養殖環境工學，1991，佐野和生， 社。
8. 期刊Aquacultural Engineering，1982－1992農機系圖。
9. Aquaculture. (英)，水產土木(日)，養殖(日): 動物系圖，海洋研圖，漁科所圖。
10. J. Aquacultural Enginnering. (期刊): 農工系圖。